こんばんは、noktzwさん
＞Ae CC2014の.aepファイルをEncore CS6に読み込む方法？
調べましたら、直接は読み込みできないようですが、次のようにして行うようです。
Ae CC2014バージョンでCCファイル形式で保存し、Ae CCバージョンでCCファイルを読み込み、CS6ファイル形式に保存します。
その後、Encore CS6に読み込むという方法をとるようです。ちょっと面倒臭いような気がしますね。
下記リンクをご覧ください。ここのフォーラムの投稿の質問にAdobeのスタッフの方が詳しく回答しています。
https://forums.adobe.com/message/6587196
＞Encoreのトランジションに関連づけるには、単純にトランジションだけのAeファイルではなく、・・・・
「.ffx」ファイルだけでは機能せず、トランジションをかける元の画像（映像）が必要になります。
ここの例では、メニューの背景画像やボタン画像をPhotoshop経由で取り出して、Aeに読み込み、トランジションをかけたり、アニメーションを付けたりします。
次にこのAeファイルをEncoreにアセットとして読み込んだ後、ボタンにトランジションとしてリンクさせます。
＞各ボタンにエフェクトを付ける方法だと、ボタンごとにトランジションAeファイルを作り、・・・・・そういうやり方しかないのでしょうか？
ここの例では、ボタンと背景の挙動を別々にしましたので、ボタン毎に動画が必要になります。この動画はAeのコンポジションという器に作成しますので、コンポジションはボタン毎に３個必要にな ります。コンポジションはPremiere Proではシーケンスの様なものですので、Aeの１個のファイルの中に３個とも入ります。
Encoreで読み込むときは、Aeのファイルを読み込み、次にコンポジションを指定します。
ボタンと背景の挙動を同じにする場合は、動画は１個ですので、Aeのファイルはコンポジションを１個含んだものとなります。
このようなやり方になります。
と説明しましたが、分かって頂けましたか。
でも、noktzwさんは、上の質問内容を良くまとめられましたね。理解度はすごいと思います。
それから、Aeはものすご～く奥が深いです。勉強のし甲斐があります。
不明な点は気軽に質問してください。