150kwさま
長らくお待たせしてすいませんでした。
おまけに丁寧かつ複雑な回答で、やや困惑しております。
基本的なことで解決していない部分ですが、
Aeのファイルのまま、すなわち「メニュー.aep」のままでは、
前回と同じワーニングが出て、読み込むことが出来ません。
仮にそれが解決したとして、Encoreのトランジションに関連づけるには、
単純にトランジションだけのAeファイルではなく、
メニュー画面をPhotoshopファイルにしたものに、トランジションを付け加えた物を作り、
それをEncoreのトランジションとして読み込ませなくてはいけないのでしょうか？
つまり、先ほどの150kwさんのトランジション（各ボタンにエフェクトを付ける）方法だと、
ボタンごとにトランジションAeファイルを作り、一つずつEncoreのボタンに割り当てる
ということになりますが、そういうやり方しかないのでしょうか？
とにかく、Aeの.aepファイルをEncoreに普通に読み込ませる方法をお願いします。
もしかしてAeがCC2014だからダメだってことはありますか？