横から失礼いたします。
Encoreは数えるほどしか使用していないので浅い部分しかわかりませんが、トラックの最後に自動的にチャプターがつくので、作成したチャプタープラス1個のチャプターができるのが正常な状 態だと思います。
単純な例で、チャプターがトラック頭の1個タイムラインをつくり、Encoreのプレビューで再生させて「次のチャプター（>>|)」を押すとタイムラインの最後に飛ぶと思います。そこが2つ 目のチャプターで、プレビューの画面中にあるチャプター番号の表示部にも02と表示されます。タイムライン最後にチャプターがついていた方がありがたいので、便利な機能だと思っていました。
この自動的につくチャプターをつけない（最後のチャプター再生時に「次のチャプター」を押すと、「その操作はできません」というようなメッセージが出ると考えられます）方法がないかざっと設定 画面を見てみましたが、見つけられませんでした。