メニュー作成済みのEncoreのプロジェクトが複数あるということでしょうか。
いま確認してみたら、Encoreで編集中のプロジェクトに別のプロジェクトを読み込むことはできないみたいですね。
1つのプロジェクトに、編集して書き出した複数のファイルを読み込ませて、メニューを作るしかないと思います。
メニュー作成済みのEncoreのプロジェクトが複数あるということでしょうか。
いま確認してみたら、Encoreで編集中のプロジェクトに別のプロジェクトを読み込むことはできないみたいですね。
1つのプロジェクトに、編集して書き出した複数のファイルを読み込ませて、メニューを作るしかないと思います。