うどんFCさん、ありがとうございます。一応、Adobeに聞いてここまで解ったりました。
おっしゃる通り、QuickTimeプレイヤーでは右下にプルダウンとしてチャプターが出来たのは確認されました。
しかし、iPadではそのようなプルダウンもありませんので、反影できていないようです。
再生を行い、→→I このボタンを押したら動画が停止してしまう状況ですね。
http://www.ipodwave.com/ipad/howto/ipadvideo_play.html#a
こんような形式は販売用にしか適応できないのですかね。
今一度、聞いてみます。