randyfactory さん、こんにんちは
どうやら「QuickTimeチャプターマーカー」というのは新機能とか特殊な設定下の機能ではなく、
単純にPremiere Pro のチャプターマーカーのことのようですよ。
それがQuickTimeやiPadのチャプターとして反映するようになったということですね。
Premiere Pro でシーケンスにチャプターマーカーを追加し名前を付けます。
もしくはマーカーを打って、マーカーを編集するからチャプターマーカーを選択し、名前を付けます。
そしてそのシーケンスをファイル＞書き出し＞メディア でQuickTime形式としてファイル書き出します。
QuickTimeプレイヤーでそのファイルを再生すると画面右下で選択できるチャプターマーカーとして反映しています。
※注意として、Premiere Pro でマーカーに名前を付ける時に日本語など2バイト文字だと
QuickTimeプレイヤーでチャプター名が文字化けしていました。
マーカーの名前は半角英数にしておいた方が無難なようです。。※
以上はWindows7/Premiere Pro CC2014（8.0.1）/QuickTimeプレイヤー7.7.5の環境で試しました。
iPadはないので試してませんが同じ考えなのではないかと思います！
お役に立てれば幸いです