こんばんは、okaTAさん
okaTAさんの提示内容に沿って、フローチャートを作成してみました（下図）。
＞順に並ぶチャプターをのうち、2と5が選択されない、というような現象が起きてしまいます。
フローチャートで、サブメニューの「Chapter 2」および「Chapter 5」ボタンから、タイムラインの「チャプターポイント2」および「チャプターポイント5」にリンクが張られていないような気がするのですが、いかがでしょうか（図中黄色の線）。
＞全編再生は問題なくすべてのチャプターが順に再生されます。
上記リンクが張られていなくても、全編再生の場合は全てのチャプターが順に再生されます。
