お早うございます
Encore CS6の動作保障OSは、Windows 7/8/8.1で、Windows 10は動作保障対象外です（下記リンク）。
Adobe Premiere Pro ヘルプ | 必要システム構成 | Adobe Premiere Pro
推定ですが、ここら辺にも原因があるような気がします。
kio1947さんが「Encoreはもう修正されないので困りものです。」とおっしゃっていますが、全くそうですよね。是非、Windows 10対応版を出して欲しいと願っています。
実は、私はWindows 8.1、Premiere Pro CC2015、Encore CS6の組み合わせて使用していたのですが、先日どういう訳かWindows 10へのアップグレードが自動的にかかってしまいました（本当なんです）。ところが、10の使用勝手はなかなか良さそうなので、8.1に戻すのはためらっており、これからEncore CS6の動作検証でもしようと思っているところです。音声のずれも頭に入れておきます。