こんばんは、noktzwさん。
Win版CS5の場合です。多少異なるところがあるかも知れませんが、読み替えてみて下さい。
違っていたらごめんなさい。
Aeの作業
①コンポジションを作成します。サイズは映像と同じ、デュレーションは1～2秒程度とします。後からでも「コンポジション設定」で修正できます。
②メニューの「ファイル」→「Bridgeで参照」を選択します。
⇒Bridgeが起動します。
③「フォルダー」タブの中で、次のようにフォルダーを展開します。
Adobe CS5→Adobe After Effects CS5→Support Files→Presets→Transitions-Dissolves（or Movement or Wipes）
④「コンテンツ」タブの中に、トランジションがサムネイル表示されますので、これと思うものをクリックします。
⇒「プレビュー」タブの中に表示されますので、再生して確認します。
⑤何回か繰り返し行なって、最適なトランジションを見つけます。
⑥「コンテンツ」タブの中で、最適なトランジションのサムネイルをダブルクリックします。
⇒このトランジションがAeのコンポジションに転送されます。
⑦Aeでデュレーションなどの編集をします。
⑧保存します。
Enの作業
①Aeのファイルを「プロジェクト」パネルにアセットとして読み込みます。
②「フローチャート」パネルで、メニューの項目（Chap1、Chap2等）を選択し、「プロパティ」パネルで「トランジション」を開き、「アセット」の「ピックウィップ」マークを「プロジェ クト」パネルのAeのファイル上へドラッグ＆ドロップします。
③プレビューして確認します。以上で完了です。
下図は図中任意の場所をクリックすると拡大します。
