お早うございます、飛騨ぼぼさん
＞勝手に作られるチャプターは黒い画面が一瞬だけ出ます。
黒い画面はホワイトアウトしている最中に一瞬出るのでしょうか。そこにチャプターが作成されているのですね。チャプターを削除しても再発しますか。
Encore CS6では、タイムラインの最後に、エンドアクションにリンクするため非表示のチャプターが自動的に作成しますが、どうもこれではなさそうですね。
もし、macOS v10.13（High Sierra）にしてからその症状が発生するようになった場合は、Encore CS6の動作保証OSはMac OS X v10.6.8またはv10.7（詳細は下記リンク）であるのに対し、動作保証外のOS・バージョンで使用したのが原因と推定されます。
必要システム構成： Adobe® Premiere® Pro CS6
特に、Macの場合は最近のOSで正常に動作しないことが、当コミュニティフォーラムに投稿されています。また、私の場合はWindows 10（v1803）以降、何の前触れもなく終了する症状を呈しています。小まめに保存しながら使用しています。