adcom eizoさん、こんにちは
日本語では情報ありませんが、これでしょうか。
まだちゃんと見れていませんが…解決策はマルチプレクサなし
（映像と音声が別々の）ファイルをアセットとして読み込んだところ
書き出しが成功したよ！っていうことみたいですね。
今回アセットとして読み込まれたファイルはPremiere Proで編集・書き出しした
ものとは一言もお書きになっていませんが、念のため。
Premiere Pro の書き出し設定画面（今回はMPEG2-DVD）
のマルチプレクサ「なし」にしているところです。
※MPEG2-DVDやMPEG2-Blu-ray、H.264Blu-rayでは
初期設定ではマルチプレクサ「なし」になります。
Adobe以外の別のフォーラムでも同エラーについて話されています。
Encore End of File error at DVinfo.net
ここでは以下の点について討論されていました。
・プロジェクトに合計100以上のチャプターを設定していないか？
（DVDであれば仕様上チャプターは99個が上限になります）
・「ファイルの終わりエラー」は、単一映像ファイル内に
異なる長さのビデオストリームとオーディオストリームが含まれていると発生する。
これが編集段階でのビデオトラックとオーディオトラックのアウトポイントが異なる、
という単純な意味かどうかはよく分かりません（そんなのよくあるだろうし）。
いずれにせよ起因となる要素がマルチプレクサの変更によって解消したというだけで、
このエラーがマルチプレクサの設定によって出るものだ、
と決まった話ではないかも知れません。
しかし少なくとも他のプロジェクトや他の素材ならこのエラーが出ないようなら、
システム起因ではなくプロジェクト（もしくは素材）起因ということですね。
もしよろしければお試しいただければと思います。
改善しますように。