こんにちわ
後だしになっちゃいますが、自分もPremiere Pro CS6の初期Vrの時代にその問題で悩まされた記憶がありますー
たしかその時はPrからmpeg-DVD(BDだったかな？)に書き出しをしてEncoreに読み込むとタイムラインのクリップがすごくずれていたりしました
└書き出せば全く問題なかったのですがさすがに目視でズレていると不安で仕方ないです
で、自分的なやり方としては
PrCS6で編集する場合はマーカーは全てPrで作成しAdobe Dynamic LinkでEncore へ、Encore はメニューのリンク付けしかしない！
PrCCで編集する場合は書き出した映像とは別に音声ファイルだけ別途書き出す！単一ファイルで読み込んだ際のズレた時の為の保険！
└マーカーは書き出すフォーマットによってPrでつけるかは変えてました
どちらにせよEncore でのトリミングは一切しないっていうのは変わりないんですがｗ
どちらかというとディスク書き出しありきの場合はAEも含めCS6で編集していました、Prは基本CS6を使用し
AEはPlag-inの兼ね合いも有りCCで作成した場合は連番で書き出ししたりして対応してた覚えがあります
└Plag-in気にしなければAEは1つ前のVr用にプロジェクトファイルを保存する機能もあるので
参考になるかはわからないですが、同じ悩みがありましたのでご返信してしまいました！