すみません、私も150kwさんと同様、うまく状況が理解できておりません。
もしかすると、用語の意味の捉え方の違いかもしれません……
念のためもう一度確認なのですが、「マルチセッション」=「デュアルレイヤーの50GBディスク」、「シングルセッション」=「シングルレイヤーの25GBディスク」という意味でお使いになられているということは、ございませんでしょうか？
万が一、もしそうでしたら、単純にエンコード後のサイズが25GBのディスクに収まらないということなので、ビットレートを下げるという対処法になろうかと思います。
上記のようなことではありませんでしたら、150kwさんがおっしゃる通り、時系列に沿ってどのような作業をなさったかを、具体的に（できるだけ、Encoreの機能で用いられている名称で） 教えていただけると、解決策が見つかるかもしれません。
特に、以下の部分が私にはよく理解できない状況です。
>ＢＤで書き出したディスク情報を
この「ディスク情報」とは、何を指しますでしょうか。「Blu-rayイメージ」ファイルのことでしょうか。それとも、Encoreで焼いたBD-Rディスクのことを指しているのでしょうか。 もしEndcoreで焼いたBD-Rなのでしたら、それはBlu-rayプレーヤーで再生できているのでしょうか。
>フリーソフトのライティングソフト
これはなんというソフトでしょうか。
>ファイナライズはされております。
フリーのライティングソフトで焼くときの設定で、ファイナライズしているということでしょうか。また、そのディスクはマルチセッションであるがゆえにBlu-rayプレーヤー等で再生できない ということでしょうか。
>とりあえずほかのソフトを使用して、マルチセッションはシングルセッションに変更できましたが、
この「ほかのソフト」の名称をお教えいただくことはできますでしょうか。
なかなかお役に立てず、申しわけございません。