ヘルプが軒並み消えているため古い記憶で申し訳ないのですが、m2vとかmpegをPrから「Encoreへ送信」した際に
初期からトランスコード済みになります。(検証確認していないのですみません)
その場合はプロジェクトを切り替えると各ディスクフォーマット用に再トランスコードできるようになったような、、、
またCkunさんと同じ意見なのですが「何を実施された後なのか」は先に記載されている方がよいかと思われます。
特に動画系製品は解決にたどり着く道筋が複雑なので事前に情報があると幾分かスムーズかと、、、