こんにちは
「～（製品名） has encountered an error」は原因不明のエラーのようですね。
USフォーラムなんかでよく出てきますけどはっきりした対処が分からない…。
Adobeさんの公開文書だとこの辺りでしょうか。実施済でしたらすみません。
システムエラーまたはフリーズ発生時のトラブルシューティング（Windows 版 Encore CS5.x）
システムエラーまたはフリーズ発生時のトラブルシューティング（Macintosh 版 Encore CS4/CS5）
※Windowsの場合「A-6. Encore を管理者権限で起動」はかなり重要です。いろんなエラーや不安定を回避できます※
前は問題なかったけど今は頻繁に出るのであればやはり再インストールか新規アカウントで切り分けが有効かと存じます。
改善をお祈りしております。