こんばんは、nyatamaさん
最初にメインメニューとサブメニューを使用したメニュー付き作品を完成させ、その後ポップアップメニューを組み込むと良いと思います。
◆メインメニューとサブメニューの組み合わせ方法
①メインメニュー
「全再生」ボタンは「Chapter 1」→「Chapter」→「Chapter 3」→「Chapter 4」と再生し、再生終了後メインメニューに戻ります。
「サブメニューへ」ボタンは、「サブメニュー」へ移動します。
②サブメニュー
「Chapter 1」ボタンは、「Chapter 1」→「Chapter 2」→「Chapter 3」→「Chapter 4」を再生し、再生終了後「サブメニュー」に戻ります。
「Chapter 2」ボタンは、「Chapter 2」→「Chapter 3」→「Chapter 4」を再生し、再生終了後「サブメニュー」に戻ります。
「Chapter 3」ボタンは、「Chapter 3」→「Chapter 4」を再生し、再生終了後「サブメニュー」に戻ります。
「Chapter 4」ボタンは、「Chapter 4」を再生し、再生終了後「サブメニュー」に戻ります。
「メインメニューへ」ボタンは、「メインメニュー」へ移動します。
③フローチャート
下図の様になります。
メニューの切り替えでは、メインメニューの「サブメニューへ」ボタンやサブメニューの「メインメニューへ」ボタンは、移動先（切り替わるメニュー）にリンクを張る必要があります。
◆ポップアップメニューは下記リンクからダウンロードした愚策マニュアルをご覧ください（ダウンロード期限；2018/2/19）。参考にして頂ければ幸いです。